Der Verwaltungsrat von Dataport besteht aus Mitgliedern der Freien und Hansestadt Hamburg, des Landes Schleswig-Holstein, der Freien Hansestadt Bremen, des Landes Mecklenburg-Vorpommern und des Landes Niedersachsen. Zudem wird Dataport durch Kommunalen Beirat und den Beirat für Unternehmensentwicklung bei der Bewältigung der unternehmerischen Aufgabenstellungen und der Ausrichtung der Kundenbeziehungen unterstützt.